Eigentlich ist die Aktivierung der 2-Faktor-Authentifizierung für Webmin ganz einfach. Allerdings scheitert das unter CentOS 7 beim Installieren der nötigen CPAN-Pakete. Über die Webmin-GUI hat es bei mir absolut nicht geklappt.
Lösung brachte es, diese Befehl per SSH am Server auszuführen:
yum -y install perl-CPAN perl -MCPAN -e "install Test::Moose" perl -MCPAN -e "install Types::Standard" perl -MCPAN -e "install Moo" perl -MCPAN -e "install Authen::OATH"
Danach kann dann die 2FA über Webmin „normal“ aktiviert werden.